ทางโรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์ได้ดําเนินการรับเข้าเรียนต่อชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ จากนักเรียนโรงเรียน เดิมที่มีศักยภาพเหมาะสม ตามนโยบายและแนวปฏิบัติเกี่ยวกับการรับนักเรียนสังกัดสํานักงานคณะกรรมการ การศึกษาขั้นพื้นฐาน ปีการศึกษา ๒๕๖๕ จึงกําหนดรายละเอียดในการรับสมัคร และคุณสมบัติเข้าเรียน