วันที่ 7 มิถุนายน 2563 โรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์ จัดการสอบคัดเลือกนักเรียนเข้าศึกษาต่อระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 โดยมีการแบ่งสนามสอบเป็น 2 สนาม ได้แก่ สนามสอบที่ 1 หอประชุมสนามกีฬากลางอำเภอแม่สาย สนามสอบที่ 2 โรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์ แต่ละสนามสอบมีจุดคัดกรองก่อนเข้าสนามสอบ โดยมีเจ้าหน้าที่จากสาธารณสุขอำเภอแม่สายทำการตรวจคัดกรอง เพื่อเป็นไปตามมาตรฐานในการป้องกันและควบคุมการระบาดของไวรัสโควิด-19